Małgorzata była niezwykle piękna. Jej uroda wabiła całe zastępy zalotników, ale uwiódł ją dopiero młody szlachcic Arseniusz, który był dziedzicem zamku w Montepulciano. Małgorzata skorzystała z okazji i uciekła z domu. Mieszkała ze swoim kochankiem, próbując realizować swoją tęsknotę za ciepłem i miłością. Pomimo zgorszenia całej okolicy i sprzeciwu krewnych ten bajkowy związek przebiegał w miarę pogodnie. Małgorzata prowadziła życie w zbytku, przepychu, szczycąc się swoją pięknością. Opiekuje się też swoim synkiem, który urodził się w tym związku.

Wbrew jednak pozorom, sumienie Małgorzaty nie było spokojne. Często było dla niej przyczyną udręki i żarliwych modlitw.

Idylla trwała dziewięć lat. Któregoś dnia Arseniusz nie wrócił z polowania. Małgorzata znalazła go zamordowanego, ukrytego pod połamanymi gałęziami(dzięki pomocy psa myśliwskiego). Bardzo mocno dotarła do niej prawda o kruchości ludzkiego życia i szczęścia. Wali się sielski świat. Zostaje wygnana z zamku, krewni Arseniusza mogą wreszcie powetować sobie hańbę, jakiej doznali przez "mezalians" z wieśniaczką. Wraz z synkiem, niczym Syn Marnotrawny, załamana psychicznie, dręczona wyrzutami sumienia i bez prawa do spadku, Małgorzata wraca do swojego domu rodzinnego. Jednak rzeczywistość jest dla niej okrutniejsza niż Ewangelia – ojciec napuszczony przez macochę wypędza ją z domu.

Tułając się dociera do Kortony, gdzie znajduje schronienie u dwóch dostojnych szlachcianek, które wzruszaję się łzami matki i dziecka. Ich dom staje się pierwszym świadkiem nieugiętej woli Małgorzaty, aby zostać świętą i to wielką świętą. Rodzi się w niej pragnienie i postanowienie pokuty i nawrócenia. W duchowych poszukiwaniach pomagają jej bracia franciszkanie z pobliskiego klasztoru. Proces oczyszczenia jest dla przyszłej świętej bardzo bolesny. Ma wielkie wyrzuty sumienia. Bardzo często się spowiada, nie może znaleźć pokoju. Jednak stopniowo przejmuje się ideałem franciszkańskim. Porusza ją ubóstwo, pokuta, miłość do Chrystusa Ukrzyżowanego. Po wielu wytrwałych prośbach otrzymuje szaty Zakonu Świeckiego Św. Franciszka.

Małgorzata dużo się modli: za Kościół, za kapłanów, za grzeszników, o pokój dla Kortony, za chorych, za swych nieprzyjaciół, za dusze cierpiące w czyśćcu. Jej ulubioną modlitwą jest „Ojcze nasz". Kocha Jezusa w Eucharystii. Kocha także Jezusa w ludziach ubogich.

Wie, że jej Oblubieniec pojawia się w szacie i z twarzą cierpiącego, dlatego opiekuje się chorymi, przyjmuje ubogich w swojej celi, odwiedza ich w domach, przygotowuje im jedzenie, asystuje rodzącym kobietom, a w domu pewnej dobrodziejki zakłada szpital dla chorych. Ofiarowuje im wszystko, co jeszcze zdaje się mieć. Miłość Małgorzaty do Eucharystii przeradza się w jej pragnienie świętości sług ołtarza. Swojemu synowi, który chciał być zakonnikiem, nakazuje punktualną recytację brewiarza, swojego spowiednika poucza, żeby głosił Słowo Boże w sposób prosty, zrozumiały dla ludzi, innemu nakazuje, żeby przygotowywać się do Mszy Św., a nie wychodził do ołtarza pośpiesznie. Upominała nawet pewnego biskupa, żeby częściej używał pastorału, niż szpady i bardziej zaufał Bogu, niż swojej sile. Za wszystkich kapłanów codziennie mówiła 100 razy „Ojcze nasz.".

Ostatnie lata życia Małgorzata spędza w pustelni. Dużo modli się, pości i umartwia. Przeżywa też wielkie duchowe ciemności oraz doświadcza wielu łask mistycznych.

Umiera 22 lutego 1297 r. Jej ciało, wolne od zepsucia, można zobaczyć jeszcze dzisiaj w sanktuarium w Kortonie.

Św. Małgorzata jest przypowieścią Boga, jakie cuda może zdziałać łaska w skruszonym sercu. Tradycja mówi, że ostatnimi jej słowami były: „Zbawić się jest łatwo, wystarczy kochać".

Jedna anegdota na temat niezwykłej urody Małgorzaty. Po swoim przybyciu do Kortony, skruszona Małgorzata podjęła decyzję o ukryciu się za klasztornym murem, by tam pokutować za swoje grzechy. Kiedy jednak zapukała do franciszkanów, furtian, przerażony jej powabem... zatrzasnął bramę! W ten sposób uroda stała się przekleństwem Małgorzaty; tak, że zamierzała nawet oszpecić się brzytwą. ...Na szczęście Pan Bóg wybił jej to z głowy!